Aus der Inneruniversitären Forschungsförderung werden Anträge zu verschiedenen Förderlinien mit einem jährlichen Volumen von 2,2 Mio. € unterstützt. Die finanzielle Abwicklung (Zuweisung an die Einrichtung, Beratung bei Fragen zur finanziellen Abwicklung und Prüfung der rechnerischen Nachweise) erfolgt bei FIN 3 in enger Abstimmung mit der Abteilung FT

Zu den sonstigen Sondermitteln innerhalb der JGU gehören z. B. Förderprogramme zum Ausbau der Digitalisierung, der Nachhaltigkeit, der Internationalisierung und natürlich auch der Forschung.